2009年1月16日，杭州地铁1号线项目杭港合作原则性协议在杭州草签。

    2009年7月11日，杭州地铁站名命名原则通过专家审查。

    2009年7月19日，地铁1号线乔司南站～客运中心站区间隧道双线贯通。这是杭州地铁史上首个实现双线贯通的隧道区间。

    2009年8月1日，经国务院同意，国土资源部批复了杭州地铁2号线一期工程建设项目用地。

    2009年9月16日，1号盾构作为杭州地铁过江隧道首台盾构（江陵路站～富春路站盾构区间）顺利穿越钱塘江南岸大堤，历时11天。

    2009年9月27日，市地铁集团与南京南车浦镇城轨车辆有限责任公司签订了地铁1号线车辆整车合同，与株洲西门子牵引设备有限公司、西门子（中国）有限公司和西门子国际贸易（上海）有限公司组成的联合体签订了牵引、制动系统采购合同。   

    2009年10月30日至31日，地铁1、2号线9个工程的调整初步设计方案通过专家审查。

    2009年11月28日，市地铁集团与浙江浙大网新集团有限公司签订了杭州地铁1号线信号系统和自动售检票系统合同。

    2009年12月8日，5号盾构（打铁关站～闸弄口站）区间左线隧道贯通，这是我市主城区内首条贯通的地铁隧道。

    2009年12月26日，杭州首个地铁综合体——七堡车辆段综合体正式开工建设，这标志着杭州“地铁+物业”开发理念进入实践阶段。