1月4日，杭州至临安城际铁路试验段工程开工。

1月29日，集团公司召开2016年度工作会议。

2月6日，杭州市政府批复了杭州市轨道交通线网规划调整，调整后的规划远期至2025年，由10条线组成，总长423.5千米。

2月7日，杭州地铁“先下后上，文明一米”活动获评2015年杭州市十佳治堵措施。

2月19日，杭州至富阳城际铁路试验段工程正式开工。

2月29日，集团公司工会召开一届六次工会会员代表大会。

3月23日，市地铁集团获省科学技术进步奖。

4月11日，杭州至临安城际铁路工程可行性研究报告获省发改委批复。

4月14日，集团公司组织召开了G20峰会运营安保动员大会。

4月25日，杭州地铁发行首张“文明乘车”主题单程票。

4月26日，地铁2号线二期工程首台盾构机成功始发。

4月29日，市地铁集团荣获“浙江省模范集体”荣誉称号，吴永位获省劳模称号，赵毅获市劳模称号。

5月1日，杭州地铁线网人均客流达到125.33万人次，创历史新高。

5月1日，杭港公司党员服务岗——“贴心驿站”亮相。

5月12日，市地铁集团在银行间市场首次成功发行了11.5亿元人民币的7年期中期票据。

5月13日，杭州地铁三期建设规划环境影响报告书（2017～2022年）通过环保部审查。

6月28日，杭州地铁2号线西北段全线“洞通”，并开始铺轨。

7月1日，集团公司召开庆祝建党95周年暨先进表彰大会。

7月22日，杭州地铁三期建设规划通过专家评审。

8月9日，杭州至富阳城际铁路工程可行性研究报告获省发改委批复。

8月12日，杭州至临安城际铁路工程初步设计获省发改委批复。

9月20日，七堡控制中心调度班组获评全国青年文明号。

9月22日，杭州地铁票务系统电子支付项目正式运行， 成为全国首个实现“云闪付”购票全网全覆盖的地铁城市。

10月1日，杭州地铁G20峰会纪念套票正式发售。

10月26日，杭州至富阳城际轨道交通工程初步设计获省发改委批复。

12月12日，杭州地铁三期建设规划获国家发改委批复同意。根据批复，规划建设期为 2017～2020 年，共10条线路，总长度 196.1 公里。